A preservação das florestas naturais é praticada por todos os membros da AMSC, sendo um item importante de seu código de conduta. Os associados devem plantar seus cafezais em áreas contíguas a florestas e preservar matas ao longo dos rios e riachos e em fundos de vales.

A exigente e severa legislação brasileira de proteção ambiental requer um equilíbrio entre plantações, pastagens e florestas, exigindo que recursos hídricos sejam protegidos e florestas naturais, preservadas. Os resíduos sólidos e líquidos são usados como fertilizantes orgânicos de modo a evitar a contaminação e preservar as espécies silvestres e a biodiversidade no ar, terra e água.